Seleccion Nacional: (2004/2006)

Pekerman en la Mayor; en Holanda apareció un tal Messi en el pentacampeón mundial juvenil (2004/2006)
Luego de haber rechazado el cargo en 1998, el técnico tricampeón mundial en Juveniles, aceptó el ofrecimiento de la AFA y se calzó el buzo de un plantel de mayores por primera vez en su carrera.

Debía continuar el camino en las Eliminatorias, en las que restaban 10 partidos y Argentina estaba en buena posición. Pekerman hizo varios cambios en el esquema de juego y por sobre todas las cosas, en los nombres.

José apostó a muchos de los futbolistas de los 3 planteles campeones mundiales de su gestión. Con un estilo más conservador pero efectivo, logró la clasificación a Alemania 2006, 3 fechas antes del final, tras un fantástico triunfo 3-1 ante Brasil, en Buenos Aires.

En esos días, con la conducción de Francisco Ferraro, un grupo de chicos conquistó el quinto campeonato mundial juvenil. En ese plantel apareció con fuerza Lionel Andrés Messi, una de las máximas esperanzas argentinas de los últimos años y también asomó un chiquilín endiablado: Sergio Agüero.

La Mayor fue a Alemania para disputar la Copa Confederaciones. La actuación no fue deslumbrante pero alcanzó para llegar a la final, donde cayó sin atenuantes ante un Brasil plagado de figuras.

El último cuatrimestre de 2005 sirvió para observar a Messi en la Selección Mayor, aunque su debut fue insólito e inolvidable, aunque no precisamente por su gran actuación: permaneció sólo 93 segundos en el campo, dado que fue expulsado por reaccionar ante un golpe de un adversario.

La lista de 23 jugadores para Alemania 2006 mostró la idea de Pekerman: 13 de los que fueron a Alemania, integraron los equipos campeones mundiales en Qatar 1995, Malasia 1997, Argentina 2001 y Holanda 2005.

El sorteo del Mundial volvió a colocar a Argentina en un “grupo de la muerte”: Costa de Marfil, Serbia y Montenegro y Holanda.

Contrariamente a lo ocurrido en Corea/Japón, la Selección arrancó con buen pie el torneo, venció a los africanos y a los serbios (con apabullante goleada 6-0, en la que Cambiasso anotó el segundo gol más lindo del certamen) e igualó sin tantos ante Holanda.

La primera colocación en el grupo ahuyentó los fantasmas y alimentó la esperanza del tricampeonato. Argentina enfrentó a México en un durísimo partido que sólo se definió en tiempo agregado al reglamentario, cuando Maxi Rodríguez convirtió el gol más espectacular de la Copa.

Los cuartos de final ante Alemania se disputaron en Berlín. La Selección golpeó primero con un gol de Roberto Ayala, de cabeza. Pero la salida por lesión del arquero Roberto Abbondanzieri, complicó el panorama, los dueños de casa lograron empatar y el cotejo se fue a los penales.

Con una gran actuación del portero germano Lehmann, Alemania eliminó a una Argentina que mostró el mejor fútbol del campeonato. A su regreso, la AFA le ofreció la renovación del contrato a Pekerman, pero José sintió que ya había tenido su oportunidad y decidió dar un paso al costado.