Trayectoria
Newell's Old Boys
En 1998 debutó en el Club Atlético Newell's Old Boys de Argentina. Sus primeras actuaciones dejaron mucho que desear, pero a pesar de ello continuó su carrera en el club alternando buenas y malas hasta lograr estabilizarse entre los titulares algunos años después.
En el segundo semestre de 2004 y como Capitán del equipo, obtuvo su primer campeonato de la mano del Tolo Gallego: el Torneo Apertura 2004.
Corinthians
Domínguez continuó en Newell's Old Boys hasta el año 2005 cuando pasó al Corinthians de Brasil, junto con Carlos Tévez de Boca Juniors y Javier Mascherano de River Plate. Los tres pases fueron adquiridos por el iraní Kia Jorabchian.
Allí se consagró campeón del Campeonato Brasileño de Fútbol del año 2005. Permaneció dos años hasta su regreso a Argentina, luego de que asumiera como entrenador Emerson Leão, quien se declarara xenófobo hacía los argentinos.
Estudiantes de la Plata
En el año 2007 retornó a Argentina para sumarse al plantel de Estudiantes de la Plata a préstamo por un año, para a fines de dicho año ser transferido al Club América de México, luego de que este adquiriera el 100% de su pase.
América de México
En diciembre de 2007, Domínguez es transferido al Club América de México, en una operación cercana a los 4 millones de dólares. En primera instancia había surgido la posibilidad de ser cedido al River Plate de Diego Simeone, pero el dueño de su pase, Kia Joorabchian, estaba interesado solo en ventas y no en préstamos.
Con su nuevo equipo obtuvo la InterLiga de 2008, sin embargo, debido a una lesión estuvo fuera de las canchas por todo el Torneo Clausura 2008, siendo el peor torneo del equipo mexicano al poscionarse en el lugar #18 de la tabla general.
Vélez Sarsfield
En Enero de 2009, Seba Domínguez es transferido a Vélez Sarsfield, por el cual compran el 60% del pase- Su equipo hace una gran campaña y, con él como referente, obtiene el Torneo Clausura 2009.
El 12 de Junio de 2011 se corona junto al Club Atlético Vélez Sarsfield como campeón del Torneo Clausura a una fecha del final del mismo. Este es su 3º título local en la Argentina, (Campeón con Newell's en 2004 y con Vélez en 2009 y 2011). El 3 de Agosto de2012 hace un doblete por primera vez en su carrera, ambos goles de cabeza.El resultado final de ese partido fue Vélez 3 - 0Argentinos. En este mismo campeonato, se corona nuevamente campeón argentino en la penúltima fecha, en la victoria de su equipo por 2 a 0 ante Unión de Santa Fe, siendo este su tercer título con Vélez Sarsfield, y su cuarto en Argentina.
Selección nacional
Su debut se produjo el 5 de septiembre en el clásico sudamericano contra Brasil, siendo titular en la derrota 1-3 en el Gigante de Arroyito de Rosario, 4 días después volvería a ser titular esta vez contra Paraguay en Asunción. En el 2012 volvió a estar convocado en Eliminatorias frente a Uruguay y Chile. Actualmente es capitán de la selección local.
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