Trayectoria
Inferiores
Arrancó su carrera futbolística en las inferiores del Club Atlético River Plate de Chacabuco, jugando en la Liga deportiva de Futbol de la misma ciudad donde se realizó y forjó un carácter de deportista. Participó en torneos provinciales de seleccionados regionales sub 15 y sub 16.
Racing
Debutó profesionalmente en la Primera División de Argentina con Racing Club el 13 de agosto de 2004 frente a Argentinos Juniors, Solo jugo 3 partidos y 0 goles.
Guaraní
Jugo un total de 30 partidos y 12 goles en el club paraguayo.
Olmedo
Debuto el 8 de julio ante la Liga de Quito en una victoria 2-1, el 12 de julio marca su primer gol con camiseta de Olmedo ante Emelec1-0, marca su primer doblete con la camiseta del Olmedo en la goleada 4-2 ante la Macara. El 13 de octubre marca un gol al Maraca,el 18 de octubre marca un doblete ante el Emelec, el 22 de octubre marca un gol ante la Liga de Quito, el 28 de octubre marca otro gol ante el El Nacional, el 1 de noviembre marca por 5° consecutiva ante el Barcelona SC en el empate 2-2. Jugo en la temporada 43 partidos y 22 goles,
Estrella Roja
jugo 18 partidos y 3 goles en la liga Servia también jugo 3 partidos de la Europa League, a finales de la temporada ficho a Huracán.
Huracán
El 8 de agosto de 2008 debuto ante San Martín entro a los 56 minutos, el 28 de octubre marca su primer gol con la camiseta deHuracán ante Godoy Cruz en la victoria 2 a 1, el 9 de noviembre de 2008 marca a un grande de la argentina a River en el empate 3 a 3, jugo solo el Apertura 2008 14 partidos y 3 goles.
Shanghái Shenhua
Llego a China al Shanghái Shenhua jugo 100 partidos y 0 goles en la Super Liga China y 3 partidos y 0 goles en la Liga de Campeones de la AFC.
Shenzhen Ruby
En 2009 recibió el balón de oro que se proclamó máximo anotador de la Superliga China en el Shenzhen Football Club con 14 partidos y 14 goles, lo cual hizo que la Liga de Quito se fijara en Barcos.
Liga de Quito
A principios de 2010, fue transferido a Liga de Quito para reemplazar a Claudio Bieler. Barcos, o el "Pirata", como fue apodado por los hinchas de Liga,el 7 de febrero marca su primer gol con la camiseta de la Liga de Quito ante el Macara por la campeonato ecuatorianoen el empate 2 a 2.el 12 de febrero Barcos marca un gol ante el Independiente José Terán en la golea ada de su equipo 3 a 0.el 21 de febrero marca un gol ante el Olmedo por la tercera fecha del campeonato ecuatoriano.el 28 de febrero marcaría otro gol siendo su cuarto gol consecutivo en la victoria 5 a 0 ante el Emelec . el 2 de junio marca su primer hat-trick ante el Manta F.C. el 20 de junio marca su primer doblete ante el Olmedo.el 4 de julio marca su segundo hat-trick ante el Macara.anotó dos goles contra Estudiantes de La Plata en la victoria por 2 a 1 en el primer partido de la Recopa Sudamericana 2010. Ese mismo año fue campeón ecuatoriano conLiga de Quito anotando 22 goles en 32 partidos y ayudó a Liga a llegar a las semifinales de la Copa Sudamericana 2010 en la cual anotó 3 goles. El 13 de agosto de 2011 Barcos anotó 5 goles en el partido contra el Manta. En 2011 anotó 16 goles en 32 partidos por el campeonato ecuatoriano y fue pieza fundamental para que Liga llegue a la final de la Copa Sudamericana 2011 anotando 7 goles en la competición, destacándose los 3 goles en los dos partidos semifinales contra Vélez Sarsfield. Después de dos años con el club, el17 de enero de 2012 fichó por el Palmeiras que compró el 70% de sus derechos económicos en US$ 3,5 millones, quedándose Liga de Quito con el restante 30%.
Palmeiras
El 17 de enero de 2012, se confirmó su pase al Palmeiras. Anotó su primer gol para el club el 11 de febrero de 2012 en la victoria por 3 a 0 ante el Ituano por el campeonato Paulista. Barcos fue el goleador del Palmeiras en la conquista de la Copa de Brasil 2012 anotando 4 goles en 8 partidos, sin embargo no pudo jugar las finales por causa de una apendicitis, de esta forma el equipo pudo conquistar un título nacional después de 12 años y también clasificar a la Copa Libertadores 2013. En la Copa Sudamericana 2012 anotó los dos goles del partido de ida contra el Botafogo que terminó 2 a 0, logrando que el equipo clasifique a la siguiente ronda a pesar de la derrota 3 a 1 en el partido de vuelta. El 29 de septiembre Hernan Barcos anoto 2 goles en el la cancha del Pacaembu de local ante el Ponte Preta. El 20 de octubre con Dos goles por el argentino Hernán Barcos le dieron al Palmeiras la victoria por 2-0 frente al Cruzeiro. El 4 de Noviembre Hernán Barcos marco dos goles en el empate ante el Botafogo , metió un golazo que hizo llorar a los hinchas delPalmeiras pues llega a los 27 goles que había prometido desde su llega al Palmeiras.El 11 de diciembre Barcos marca un gol en la caida de su equipo 3 a 2 ante el Fluminense , ese mismo dia Fluminense se consagro campeón del Campeonato Brasileño de Serie A.El 28 de diciembre el delantero argentino Hernán Barcos, estrella del Palmeiras, anunció el miércoles su permanencia en el equipo brasileño en 2013, a pesar de su descenso a la segunda división. El 19 de enero Barcos debuta contra el Bragantino en un empate 0 a 0. El 23 de enero convierte su primer gol en el 2013 por la segunda fecha contra el Oeste en la victoria 3-1.
Gremio
El 8 de Febrero de 2013 se confirma su cesión por un año al Gremio de Porto Alegre a cambio de $3.000.000 de dolares, más el trueque de 4 jugadores. Al día siguiente fue presentado en el club donde usará la dorsal 28, al igual que con el Palmeiras, en el día de su presentación se puso la meta de anotar, esta vez, 28 goles en el año (esta se la había propuesto con el Palmeiras). Su primer gol con la camiseta del Gremio fue por copa libertadores de penal cantra Huachipato de Chile. El 19 de febrero de 2013 marca un gol que no fue por que lo iso en contra un jugador brasiliño en contra pero se lo dieron a Barcos fue contra el Fluminese de Brasil en una victoria que lo tuvo como la figura del partido.
Selección Argentina
El 23 de agosto de 2012, por primera vez es convocado por el técnico Alejandro Sabella para conformar la selección Argentina para lasEliminatorias Mundialistas 2014 en los enfrentamientos contra Paraguay y Perú.
Su debut con Argentina se dio el 19 de septiembre de 2012 ante Brasil en el partido amistoso por el Superclásico de las Américas. El03 de octubre fue convocado para el partido contra Brasil por la revancha por el amistoso del Superclásico de las Américas, suspendido antes de empezar por falta de luz en el estadio de la provincia del Chaco.
El 12 de octubre fue convocado por Alejandro Sabella para jugar frente a Uruguay por las Eliminatorias Mundialistas 2014; fue suplente y reemplazó a Gonzalo Higuaín en el segundo tiempo, incluso tuvo una chance de gol definiendo por arriba de Fernando Muslera cuyo tiro terminaría en gol pero el árbitro anuló la jugada por offside.
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